Au premier rang de l'implication du Conseil régional de France-Comté figure le «bois-énergie». En matière d'énergies renouvelables, il s'agit de la principale ressource de la région - qui est la plus boisée de France proportionnellement à sa surface. Valoriser cette ressource et structurer la filière permet non seulement d'agir en faveur de l'environnement mais aussi sur le plan économique, en favorisant fortement l'activité locale. L'action du Conseil régional est essentiellement tournée vers l'information des collectivités sur les possibilités d'installation de chaufferies collectives au bois. L'investissement est pris en charge par l'Ademe et les Départements, même si pour les infrastructures les plus importantes, le Conseil régional intervient également. Il l'a fait pour la restructuration récente de la chaufferie collective du quartier des Capucins à Gray, comme auparavant pour la chaufferie de la cité scolaire autour du lycée de Morteau ou pour celle de Moirans-en-Montagne. Parallèlement, l'installation de ces chaufferies, qui utilisent uniquement des déchets issus de l'utilisation du bois, permet donc de structurer la filière bois et d'aider les entreprises qui alimentent les établissements en matière première. Ainsi, la chaufferie de Gray récupère et de valorise plus de la moitié des déchets de bois issus des scieries de Haute-Saône. Le Conseil régional apporte également des aides directes aux entreprises productrices des combustibles utilisés. La Franche-Comté possède par exemple deux des trois entreprises françaises de granulés «bois-énergie». Des scieries ont été aidées pour qu'elles utilisent elles-mêmes leurs déchets. Bref, l'ensemble de l'économie locale du bois bénéficie de cette valorisation. C'est la raison pour laquelle le Conseil régional soutient les initiatives allant vers le renforcement de ce secteur. Il a par exemple aidé la création de l'ITEBE (Institut européen du bois-énergie) à l'origine d'une route technologique franco-suisse qui permet de visiter des établissements chauffés avec cette matière première et d'un salon européen dédié au bois-énergie (il se tient tous les 2 ans à Lons-le-Saunier depuis 1998). Cette implication forte en faveur du «bois-énergie» n'empêche cependant pas le Conseil régional d'être attentif aux autres énergies renouvelables (voir ci-contre).
Si leur potentiel est moindre, le fait d'en tenir compte est révélateur d'une plus grande sensibilité de la Franche-Comté à ces nouvelles énergies. Un chiffre symbolique : le Conseil régional de Franche-Comté a prévu de consacrer au moins 14 millions de francs au soutien aux énergies renouvelables (alors que le précédent ne les évoquait même pas), dans le contrat de plan Etat-Région 2000 - 2006. Parmi les objectifs prioritaires figure la réduction des émissions de gaz à effet de serre, comme le préconisent les conclusions du sommet de Rio de 92. Le développement des énergies renouvelables, «technologies sobres et propres», sont l'un des moyens engagés dans cette optique. La production d'énergie à partir du solaire, de l'éolien ou de l'hydraulique n'émet en effet pas de CO2, l'un des principaux gaz incriminés.